Arrêt maladie en intérim : indemnisation, contrat et démarches

Tomber malade au milieu d’une mission place l’intérimaire dans une zone grise que peu de salariés connaissent. Un arrêt maladie en intérim ne se règle pas comme dans une entreprise classique : votre employeur est l’agence, votre poste dépend d’un contrat à durée fixe, et deux organismes distincts interviennent pour vous indemniser. Beaucoup découvrent trop tard qu’un arrêt ne repousse pas le terme de leur mission, ou que les conditions d’ouverture des droits ne correspondent pas à ce qu’on leur avait décrit. Voici ce que devient votre contrat, combien vous percevez réellement et quels délais tenir pour ne rien perdre en chemin.

Arrêt maladie en intérim : ce que devient votre contrat de mission

Un arrêt maladie en intérim commence par une règle que beaucoup ignorent : la prescription suspend le contrat de mission, elle ne le rallonge pas d’un jour. Votre contrat de mission s’achève à la date qu’il porte, guéri ou non. L’entreprise de travail temporaire, employeur juridique de l’intérimaire, n’a aucune obligation de repousser ce terme. Trois semaines d’arrêt sur une mission qui s’arrête dans huit jours ne couvrent donc que ces huit jours.

Au-delà, vous relevez du régime des arrêts survenus hors mission, avec ses propres conditions et son propre circuit de versement. Le premier virement tarde souvent là, faute d’avoir prévenu le bon interlocuteur au bon moment.

L’indemnité de fin de mission suit la rémunération brute réellement versée. Les jours d’arrêt n’étant pas payés par l’agence, ils sortent de l’assiette : un arrêt long en fin de contrat rabote votre IFM, comme l’indemnité compensatrice de congés payés calculée sur la même base. Deux montants oubliés presque systématiquement dans l’estimation des pertes, et qui dépassent parfois le coût des jours de carence eux-mêmes.

Une incapacité à reprendre avant le terme ne peut pas vous être reprochée, mais rien n’oblige l’agence à enchaîner sur une nouvelle mission. La relation avec l’entreprise utilisatrice cesse à la date prévue, sans formalité ni préavis. La visite médicale de reprise, obligatoire après un arrêt d’au moins 30 jours, incombe à l’agence tant que le contrat court ; hors contrat, elle précède votre prochaine affectation sur un poste.

Ouvrir ses droits quand les missions s’enchaînent

Percevoir des indemnités journalières suppose d’avoir assez cotisé avant l’arrêt. Pour un salarié en poste continu, la vérification prend deux minutes. Quand on travaille en intérim et qu’on alterne missions et périodes creuses, elle se complique : deux jeux de conditions coexistent, et la Sécurité sociale retient celui qui correspond à votre rythme de travail réel.

La règle des 150 heures sur trois mois

La condition la plus connue exige d’avoir travaillé au moins 150 heures au cours des trois mois civils ou des 90 jours précédant l’arrêt. Elle suffit pour les arrêts de moins de six mois et couvre sans difficulté un intérimaire qui enchaîne des semaines pleines. Le piège tient au découpage : les mois civils s’entendent de janvier à mars, d’avril à juin, jamais de date à date. Une mission à cheval sur deux trimestres peut échouer à remplir la condition alors que le volume horaire total y est largement.

Ce calcul porte sur vos heures déclarées, toutes agences confondues. Si vous avez travaillé pour plusieurs entreprises de travail temporaire sur la période, l’ensemble compte. Vos relevés de mission et vos bulletins de paie constituent la preuve à conserver, la CPAM pouvant vous les réclamer en cas de dossier incomplet.

Le régime du travail discontinu

L’intérim relève le plus souvent d’une autre catégorie, celle du travail discontinu. Les conditions y sont plus larges dans le temps et plus exigeantes en volume : il faut avoir travaillé au moins 600 heures pendant les douze mois ou les 365 jours précédant l’arrêt, ou avoir perçu un salaire au moins égal à 2 030 fois le Smic horaire sur la même période. Une seule de ces deux conditions suffit à ouvrir vos droits.

Ce régime rattrape quantité de dossiers que la règle des 150 heures aurait recalés. Une succession de missions courtes entrecoupées d’intercontrats franchit sans peine 600 heures sur l’année, là où un trimestre creux ne donne rien. Les pages qui traitent le sujet mentionnent rarement cette porte d’entrée, alors qu’elle correspond à la situation réelle de la plupart des intérimaires.

Ce que verse vraiment la Sécurité sociale

L’indemnité journalière représente 50 % du salaire journalier de base, calculé sur la moyenne des salaires bruts qui précèdent l’arrêt. La règle mérite qu’on s’y arrête : un arrêt prolongé ampute la moitié de vos revenus avant même toute autre limite. Or une seconde limite s’applique aussitôt, puisque le salaire retenu pour le calcul ne peut dépasser 1,4 fois le Smic mensuel, ce qui plafonne l’indemnité quotidienne à un montant fixe.

Le délai de carence de trois jours s’applique à chaque nouvel arrêt. Il se renouvelle à chaque prescription, ce qui pénalise les arrêts courts et répétés bien plus que les arrêts longs.

La durée compte aussi. Sur une période de trois ans consécutifs, la Sécurité sociale verse au maximum douze mois d’indemnités journalières, toutes prescriptions confondues. Ce compteur, invisible sur vos relevés, se recharge de manière glissante : un arrêt long consomme un droit qui manquera plus tard si la santé se dégrade à nouveau.

Ce plafond explique une frustration fréquente. Un intérimaire du bâtiment payé au-dessus du Smic, primes de panier et de trajet comprises, voit son indemnité calculée sur une base tronquée : les éléments de rémunération qui dépassent le plafond ne sont pas pris en compte. L’écart entre la fiche de paie habituelle et le virement de la CPAM surprend d’autant plus qu’il n’apparaît nulle part avant le premier versement. C’est ce décrochage qu’un arrêt maladie en intérim laisse à la charge du salarié, et que la prévoyance vient partiellement combler.

Intérimaires Prévoyance, le second étage de l’indemnisation

La couverture en intérim ne s’arrête pas à la Sécurité sociale. Le second étage relève du régime de prévoyance propre au travail temporaire, piloté par le FASTT et financé par les agences d’emploi. Ses indemnités complètent celles de la CPAM, elles ne les remplacent pas.

Le seuil de 414 heures, toutes agences confondues

Le complément se déclenche si vous avez effectué au moins 414 heures de mission au cours des douze derniers mois, toutes agences d’emploi confondues. Cette dernière précision change beaucoup de choses : vos heures chez trois entreprises de travail temporaire différentes s’additionnent, et nombre d’intérimaires renoncent à déclarer un arrêt en croyant à tort que seule leur agence actuelle compte. Les droits des travailleurs intérimaires s’apprécient sur l’ensemble du parcours, pas sur le dernier contrat signé.

Les risques professionnels obéissent à une autre logique. Un accident du travail ou de trajet ouvre droit à la couverture dès la première heure de mission, sans condition d’ancienneté. Le seuil de 414 heures ne concerne que la maladie et les accidents de la vie privée.

L’indemnisation entre deux missions

Un arrêt qui débute après la fin de votre mission reste indemnisable, à deux conditions cumulatives : il doit durer plus de dix jours et vous devez être inscrit comme demandeur d’emploi auprès de France Travail. En dessous de ce seuil, la prévoyance n’intervient pas, quelle que soit votre ancienneté dans le travail temporaire.

La démarche change aussi de main. Hors mission, personne ne déclare à votre place : vous transmettez vous-même l’arrêt au gestionnaire de votre régime de prévoyance, via un formulaire spécifique. Prévenir France Travail dans les 48 heures reste indispensable pour éviter la suspension de vos allocations. Cette période est souvent celle où l’on relance sa recherche, et consulter les offres d’emploi près de chez vous pendant un arrêt court permet de repartir sans délai une fois la reprise autorisée.

Vos démarches, de l’agence à la CPAM

Déclarer un arrêt maladie en intérim obéit à un calendrier serré qui ne pardonne pas. Vous disposez de 48 heures pour transmettre votre arrêt de travail, faute de quoi la CPAM peut réduire vos indemnités, voire les refuser. Le même délai vaut vis-à-vis de votre agence d’emploi, qui déclenche de son côté l’attestation de salaire sans laquelle aucun dossier ne se met en route. Quand l’arrêt est prescrit en ligne, la transmission à la caisse est automatique, mais votre agence doit toujours être prévenue.

• Transmettre les volets 1 et 2 de l’arrêt à la CPAM sous 48 heures
• Adresser le volet 3 à votre agence d’emploi dans le même délai
• Conserver une preuve d’envoi ou un accusé de réception
• Signaler l’arrêt à France Travail si vous êtes entre deux missions
• Demander la visite de reprise après un arrêt d’au moins 30 jours

Une fois l’arrêt enregistré, le dispositif PREST’IJ transmet automatiquement vos décomptes d’indemnités journalières au gestionnaire de la prévoyance, sans démarche de votre part. Le complément se calcule rétroactivement à compter du premier jour d’arrêt, mais il ne peut être versé que si la CPAM a elle-même indemnisé : un dossier bloqué à la Sécurité sociale bloque tout le reste.

Reste la question du revenu global. Entre la moitié du salaire versée par la Sécurité sociale, le complément de prévoyance et la prime de précarité amputée par les jours non travaillés, trois semaines d’arrêt coûtent bien plus que les seuls jours de carence. Chiffrer cette perte dès le premier jour, relevés de mission en main, reste le meilleur moyen d’ajuster son budget avant que le décalage ne se creuse.

Sources

• Service Public — l’arrêt maladie et les indemnités journalières du salarié, 2026
• Service Public — les montants des indemnités journalières de Sécurité sociale, 2026